南航方面表示，深圳是南航在华南地区的重要枢纽之一，公司计划在5年内将其在深圳的市场份额从三成提升至五成。2008年，南航在深圳的旅客运输量和运输总周转量分别比2000年增长206%和221%。货运方面，截至2009年10月底，南航深圳分公司在深圳市场占有率为27.81%，居第一位。
对此，深航相关负责人表示，目前南航方面还没有派人与深航进行沟通。目前，深航已经跻身全国第五大航空公司，占国内民航6%的市场份额。而国航、新东航、南航旅客周转量目前分别占全民航23%、24%和29%的市场份额，这意味着入主深航将使国内民航运输市场的份额和话语权格局发生改变。2007年前，深航曾保持着连续15年盈利的纪录。
继2009年11月30日，深航高级顾问李泽源因涉嫌经济犯罪被调查后，持有深航25%股权的国航副总裁樊澄于12月1日被任命为深航党委书记，12月23日，原中国国际航空股份有限公司财务总经理李有强又被调任深航财务总监，这被市场认为是深航第二大股东国航拟入主深航的人事信号。
对此，持有深航10%的第三大股东深圳市政府的态度耐人寻味。深圳市副市长张思平随后在公开场合强调，不管怎么调整，深圳市政府一如既往坚决支持深航，深航作为深圳的名片不会改变，深航作为正常公司会永远存在，深航已经形成的市场机制不变。
2009年12月24日，深圳市政府与南航集团在深圳举行签字仪式，共同签署战略合作框架协议，根据协议，双方将努力把深圳空港建设成为区域性航空枢纽，使之成为南航的主要客运枢纽和货运基地，而深圳市政府将通过优惠的财政政策扶持南航客运和货运在深圳的发展。
对此，南航方面表示，南航将全面支持深圳航空枢纽建设，重点加大深圳市场运力投放，开通深圳始发的国际航线，形成深圳国际航线规模网络，同时提高深圳辐射至全国各地航线网络的广度和密度，重点加强深圳至台湾地区航班时刻的申请，并把深圳打造成国内旅客前往港澳台以及亚洲的中转枢纽。
中信建投航空分析师李磊分析称，这表明深圳市政府希望把深航作为基地公司保持独立运作，而深航65%股权的争夺仍取决于多种力量的博弈。
